İşletmede oluşabilecek çeşitli salgın ve hastalıkların önüne geçmek ve hayvanların sağlıklı ürünler vermesini sağlamak için işletmedeki temizlik ve dezenfeksiyon kurallarına tam anlamıyla uyulması gerekmektedir. Bir süt sığırcılığı işletmesindeki en önemli noktalardan biri de ahırda temizlik ve dezenfeksiyon kurallarının tam anlamıyla uygulanmasıdır. İşletmede oluşabilecek çeşitli salgın ve hastalıkların önüne geçmek ve hayvanların sağlıklı ürünler vermesini sağlamak için bu kuralların eksiksiz olarak yerine getirilmesi gerekmektedir. İşletme içerisinde gerekli hijyenin sağlanamaması hem hastalıklara hem de devamında sütün kontaminasyonu sonucu süt kalitesinde azalmaya neden olur.
Bir süt sığırcılığı işletmesinde kaliteli süt üretimi açısından önemli olan kriterler arasında, su kalitesi, ahır/durak temizliği, inek meme ve meme başı temizliği, sağım ve depolama ekipmanlarının temizliği, kuru dönem inek idaresi ile süt tankı ve süt kalite takip kayıtları gibi ana başlıklar yer almaktadır. Ahır ve meme başı temizliği bu sayılanlar arasında önemli bir yere sahiptir.
Bunun dışında biyogüvenlik uygulamalarının işletmedeki faydaları arasında; verimde ve karlılıkta artış, hayvan refahında gelişme, kaynakların daha etkili kullanımı, ilaçlarla, aşılarla veya diğer yönetim tedbirleri ile kontrol edilemeyen bazı hastalıklardan kaynaklanan ekonomik kayıplarda azalma ve sürü bazında karlılığın artışı ile sağlıklı ürün arzı gibi avantajlar yer almaktadır. Etkin bir şekilde yapılan biyogüvenlik uygulamalarının pazar açısından da yararları saymakla bitmez. Hayvan sağlığı ile birlikte asıl halk sağlığını ön planda tutan biyogüvenlik uygulamaları sayesinde daha güvenli bir ülkeler arası alış veriş söz konusu olmaktadır. Böylece sağlık standardı düşük ülkelerden hayvansal ürünlerin ithali engellenir, global ticaret kural ve gereklilikleri daha kolay sağlanır ve yabancı hastalıkların ülkeye girişi önlenir.
