Balık Çiftliklerinin atıklarını insan atıkları veya sanayii tesisleri atıklarıyla karıştırmamak gerekir. İnsan atıkları ve sanayi atıkları deterjanlar, çeşitli kimyasallar, ağırmetaller içerebilir.
Balık Çiftliklerinin temel atığı ise doğadaki balıkların temel atığı ile benzer şekilde dışkıdır. Doğal olarak balıkların dışkısı deniz ortamına karışmaktadır. Bu noktada; çiftliklerin etrafındaki dağılım ve tolore edilebilme eşiği önem taşımaktadır. Balık yemlerinin sindirilebilirliği önemlidir. Yemlerin sindirilebilirliği arttıkça doğanın dışkıyı tolere edebilme yeteneği artmaktadır. Bu aynı zamanda işletmenin karlılığının arttırılması ile de ilişkilidir. Yemin sindirilebilirliği arttıkça balıkların yemden yararlanabilirliği deartmakta ve işletme maliyetleri aynı oranda azalmaktadır.
Günümüzde çiftliklerde kullanılan balık yemlerinin sindirilebilirliği çok yüksektir ve sindirilebilirliğin daha da arttırılması için çalışmalar yapılmaktadır. Aslında, balık çiftliklerinde maliyeti düşürücü yönde yapılan bütün çalışmalar çevresel etkiyi azaltacak sonuçlarıda beraberinde getirmektedir. Kullanılan ağlar, halatlar, çapa ve benzeri metal malzemeler ekonomik ömürleri bittiğinde geri dönüşüme gönderilmektedir. Kullanılan yem çuvalları ambalaj yönetmeliği kapsamında geri toplanmaktadır. Teknelerin sintineleri ilgili kurumlardan onaylı liman işletmelerine teslim edilmektedir. Denize atık bırakılmamaktadır.
