Kanatlılarda aşının başarısız olmasının en yaygın nedeni, hatalı uygulamalardır. Aşı uygulaması öncesi sürecin tüm detayları çok iyi planlanmalıdır. Bu planlama aşının sevki, muhafazası ve uygulaması konusunda iyi eğitilmiş ekibi de kapsar. Ancak doğru aşı uygulaması ile hastalık kontrolü ve sürü performansı sağlanabilir.
Canlı aşının su veya sprey yoluyla toplu uygulamalarında bazı tavukların aşıdan faydalanamaması söz konusu olabilir. Aşı virüsünün tavukta çoğalması ve sonra aşının yatay bulaşma ile tavuktan tavuğa geçmesi ile bir korumaya sağlanacağını düşünmek risklidir. Bu durum, sürüde bağışıklığın gecikmesi ile sonuçlanır. Eğer sürü inaktif aşı ile aşılanmış ise, hayvandan hayvana aşı virüsü bulaşamayacağı için aşılamadan faydalanamamış kanatlılar korumadan yoksun kalacaktır.
Canlı aşıların içme suyu ile uygulanmasında suyun temizlenmesi amacıyla kullanılmış olan dezenfektanlar aşı virüsünün tavuğu enfekte edemeden parçalanmasına sebep olabilir. Kas içi veya deri altı uygulamalarda aşının doğru noktaya uygulanmaması halinde de bağışıklık oluşmaz. Bu yüzden rutin izleme programları kapsamında rastgele örnekleme ile aşının doğru noktalara yapılıp yapılmadığı kontrol edilmelidir ve aşılama öncesi aşı etiketleri dikkatle incelenmelidir.
